Sesuai dengan Keputusan Menteri Kelautan dan Perikanan Republik Indonesia Nomor 95 Tahun 2021 Tentang Kawasan Konservasi di Perairan di Wilayah Lembata  di Provinsi Nusa Tenggara Timur, Kawasan Konservasi di Perairan di Wilayah Lembata  memiliki luas keseluruhan 199.688,38 (seratus sembilan puluh sembilan ribu enam ratus delapan puluh delapan koma tiga delapan) Hektare, yang terdiri atas:

Area I

Perairan di sekitar Pulau Batutara dengan luas 24.879,17 (dua puluh empat ribu delapan ratus tujuh puluh sembilan koma satu tujuh) Hektare, yang terdiri atas:

1. zona inti dengan luas 12.415,98 (dua belas ribu empat ratus lima belas koma sembilan delapan) Hektare;
2. zona pemanfaatan terbatas dengan luas 12.463,19 (dua belas ribu empat ratus enam puluh tiga koma satu sembilan) Hektare;

Area II

Perairan di sekitar Pulau Lembata dengan luas 174.809,21 (seratus tujuh puluh empat ribu delapan ratus sembilan koma dua satu) Hektare, yang terdiri  atas:

zona inti dengan luas 1.663,46 (seribu enam ratus enam puluh tiga koma empat enam) Hektare;

1. zona pemanfaatan terbatas dengan luas 171.469,89 (seratus tujuh puluh satu ribu empat ratus enam puluh sembilan koma delapan sembilan) Hektare; dan
2. zona lain sesuai peruntukan kawasan dengan luas 1.675,86 (seribu enam ratus tujuh puluh lima koma delapan enam) Hektare, yang terdiri atas:

• zona bangunan dan instalasi laut dengan luas 349,78 (tiga ratus empat puluh sembilan koma tujuh delapan) Hektare;
• zona pelabuhan/tambat labuh dengan luas 10,18 (sepuluh koma satu delapan) Hektare; dan
• zona sesuai karakteristik kawasan dengan luas 1.315,90 (seribu tiga ratus lima belas koma sembilan nol) Hektare.