Berdasarkan Keputusan Menteri Kelautan dan Perikanan Republik Indonesia Nomor 96 Tahun 2021 Tentang Kawasan Konservasi di Perairan di Wilayah Sikka  di Provinsi Nusa Tenggara Timur, Kawasan Konservasi di Perairan di Wilayah Sikka memiliki luas keseluruhan 75.097,68 (tujuh puluh lima ribu sembilan puluh tujuh koma enam delapan) Hektare, yang terdiri atas:

Area I

Perairan di sekitar Pulau Raja dengan luas 29.248,04 (dua puluh sembilan ribu dua ratus empat puluh delapan koma nol empat) Hektare, yang terdiri atas:

1. zona inti dengan luas 161,34 (seratus enam puluh satu koma tiga empat) Hektare;
2. zona pemanfaatan terbatas dengan luas 28.977,26 (dua puluh delapan ribu sembilan ratus tujuh puluh tujuh koma dua enam) Hektare;
3. zona lain sesuai peruntukan kawasan dengan luas 109,44 (seratus sembilan koma empat empat) Hektare, yang terdiri atas

• zona bangunan dan instalasi laut dengan luas 104,35 (seratus empat koma tiga lima) Hektare;
• zona pelabuhan/tambat labuh dengan luas 5,09 (lima koma nol sembilan) Hektare;

Area II

Perairan di utara Kabupaten Sikka dengan luas 18.249,91 (delapan belas ribu dua ratus empat puluh sembilan koma sembilan satu) Hektare, yang terdiri atas:

1. zona inti dengan luas 679,65 (enam ratus tujuh puluh sembilan koma enam lima) Hektare;
2. zona pemanfaatan terbatas dengan luas 17.414,90 (tujuh belas ribu empat ratus empat belas ribu koma sembilan nol) Hektare;
3. zona lain sesuai peruntukan kawasan dengan luas 155,36 (seratus lima puluh lima koma tiga enam) Hektare, yang terdiri atas:

• zona bangunan dan instalasi laut dengan luas 148,22 (seratus empat delapan koma dua dua) Hektare;
• zona pelabuhan/tambat labuh dengan luas 7,14 (tujuh koma satu empat) Hektare;

Area III

Perairan di selatan Kabupaten Sikka dengan luas 27.599,73 (dua puluh tujuh ribu lima ratus sembilan puluh sembilan koma tujuh tiga) Hektare, yang terdiri atas:

1. zona inti dengan luas 679,61 (enam ratus tujuh puluh sembilan koma enam satu) Hektare;
2. zona pemanfaatan terbatas dengan luas 26.918,85 (dua puluh enam ribu sembilan ratus delapan belas koma delapan lima) Hektare; dan

zona lain sesuai peruntukan kawasan berupa zona pelabuhan/tambat labuh dengan luas 1,27 (satu koma dua tujuh) Hektare.