Berdasarkan Keputusan Menteri Kelautan dan Perikanan Republik Indonesia Nomor 94 Tahun 2021 Tentang Kawasan Konservasi di Perairan di Wilayah Flores Timur  di Provinsi Nusa Tenggara Timur, Kawasan Konservasi di Perairan di Wilayah Flores Timur memiliki luas keseluruhan 150.069,35 (seratus lima puluh ribu enam puluh sembilan koma tiga lima) Hektare, yang terdiri atas:

Area I

Perairan di sekitar timur laut Pulau Flores dengan luas 65.029,48 (enam puluh lima ribu dua puluh sembilan koma empat delapan) Hektare , yang terdiri atas:

1. zona inti dengan luas 4.085,16 (empat ribu delapan puluh lima koma satu enam) Hektare;
2. zona pemanfaatan terbatas dengan luas 58.326,31 (lima puluh delapan ribu tiga ratus dua puluh enam koma tiga satu) Hektare;
3. zona lain sesuai peruntukan kawasan berupa zona rehabilitasi dengan luas 2.618,01 (dua ribu enam ratus delapan belas koma nol satu) Hektare.

area II

Perairan di sekitar Pulau Adonara, Pulau Solor, dan peraian di sekitar barat daya Pulau Flores dengan luas 85.039,87 (delapan puluh lima ribu tiga puluh sembilan koma delapan tujuh) Hektare, yang terdiri atas :

1. zona inti dengan luas 1.192,12 (seribu seratus sembilan puluh dua koma satu dua) Hektare;
2. zona pemanfaatan terbatas dengan luas 72.830,40 (tujuh puluh dua ribu delapan ratus tiga puluh koma empat nol) Hektare;
3. zona lain sesuai peruntukan kawasan dengan luas 11.017,35 (sebelas ribu tujuh belas koma tiga lima) Hektare, yang terdiri atas:

• zona rehabilitasi dengan luas 5.192,54 (lima ribu seratus sembilan puluh dua koma lima empat) Hektare;
• zona bangunan dan instalasi laut dengan luas 675,59 (enam ratus tujuh puluh lima koma lima sembilan) Hektare;
• zona pelabuhan/tambat labuh dengan luas 16,51 (enam belas koma lima satu) Hektare; dan
• zona sesuai karakteristik kawasan dengan luas 5.132,71 (lima ribu seratus tiga puluh dua koma tujuh satu) Hektare.