Sesuai dengan Keputusan Menteri Kelautan dan Perikanan Republik Indonesia Nomor 106 tahun 2023 tentang Kawasan Konservasi di Perairan di Wilayah Kepulauan Alor  Provinsi Nusa Tenggara Timur,  Taman di Perairan di Wilayah Kepulauan Alor Provinsi Nusa Tenggara Timur memiliki luas keseluruhan yakni sebesar 277.072,61 (dua ratus tujuh puluh tujuh ribu tujuh puluh dua koma enam satu) Hektare, yang terdiri atas:

1. zona inti dengan luas 7.788,90 (tujuh ribu tujuh ratus delapan puluh delapan koma sembilan nol) Hektare;
2. zona pemanfaatan terbatas dengan luas 265.637,22 (dua ratus enam puluh lima ribu enam ratus tiga puluh tujuh koma dua dua) Hektare; dan
3. zona lain sesuai peruntukan kawasan dengan luas 3.646,49 (tiga ribu enam ratus empat puluh enam koma empat sembilan) Hektare, yang terdiri atas:

• zona rehabilitasi dengan luas 485,20 (empat ratus delapan puluh lima koma dua nol) Hektare;
• zona bangunan dan instalasi laut dengan luas 3.096,42 (tiga ribu sembilan puluh enam koma empat dua) Hektare; dan
• zona pelabuhan/tambat labuh dengan luas 64,87 (enam puluh empat koma delapan tujuh) Hektare.